悪さをすることが大好きな少年の俊夫は、いつも廊下に立たされている。
その悪ガキ振りを気に入った妖怪「見上げ入道」は、俊夫を学校からさらっていく。
俊夫は、妖怪「見上げ入道」が作った妖怪学校へと連れて行かれる。
鬼太郎は俊夫が行方不明になってしまったことを、ユメコから聞いて知ることになる。
鬼太郎はその仕業が妖怪「見上げ入道」がやったものと突き止め、俊夫の救出へと向かうのだが・・・。
妖怪「見上げ入道」は鬼太郎の存在を全く知らない。
それを逆手にとり、作戦に挑むことになるのだが・・・。